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蛍光顕微鏡とは、生体または非生体の試料を蛍光色素や蛍光たんぱく質で染色し、励起光を当てることにより放射される蛍光を利用して、通常の顕微鏡では観察しにくい対象を観察する顕微鏡。励起により発生する蛍光は微弱なので観察には暗室などが必要だが、近年は高感度CCDの発達や画像処理技術の向上などにより、良好な観察画像が得やすくなっている。生体研究分野だけでなく、食品原料の検査などにも用いられる。
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